La Revista Cuadernos de Biodiversidad se encuentra actualmente indexada en los siguientes directorios y bases de datos:
ESCI (Emerging Sources Citation Index) - Producto de la Web of Science (WoS).
REDIB - Red Iberoamericana de Innovación y Conocimiento Científico.
MIAR -Matriz de información para la evaluación de revistas.
Dialnet - Portal de difusión de la producción científica iberoamericana impulsado por la Universidad de La Rioja.
Dulcinea - Proyecto coordinado por el Ministerio de Educación y Ciencia para identificar y analizar las políticas editoriales de las revistas científicas españolas.
Google Scholar - Buscador de google especializado en documentos académicos con recuento de citas.
RUA - Repositorio Académico de la Universidad de Alicante.
Journals four free - Base de datos con más de 15.900 revistas científicas de acceso abierto.
Hispana - Portal de acceso a la cultura digital y agregador nacional de contenidos a Europeana, reúne las colecciones digitales de archivos, bibliotecas y museos españoles.